Journal of Zhejiang University

Current Issue: <JZUS-B>

Journal of Zhejiang University-SCIENCE B (Biomedicine & Biotechnology)

ISSNs 1673-1581 (Print); 1862-1783 (Online); CN 33-1356/Q; started in 2005,Monthly.

JZUS-B is an international "Biomedicine & Biotechnology" reviewed-Journal indexed by SCI-E, MEDLINE, PMC, BA, BIOSIS Previews, JST, ZR, CA, SA, AJ, ZM, CABI, CSA, etc., and supported by the National Natural Science Foundation of China. It mainly covers research in Biomedicine, Biochemistry and Biotechnology, etc.

Impact factor: 1.099 (2011), 1.108 (2012), 1.293 (2013), 1.278 (2014), 1.303 (2015), 1.676 (2016), 1.815 (2017), 1.879 (2018).

Journal of Zhejiang University SCIENCE B

ISSN 1673-1581(Print), 1862-1783(Online), Monthly

2023 Vol.24 No.9 P.755-852

Cover:

<164>

Contents:

<96>

<<< CONTENTS >>>

Reviews

Review: Current insights on rice (Oryza sativa L.) bakanae disease and exploration of its management strategies

Chinnannan KARTHIK, Qingyao SHU

DOI: 10.1631/jzus.B2300085 Downloaded: 390 Clicked: 440 Cited: 0 Commented: 0(p.755-778) <Full Text> <PPT> 114

Chinese summary <7> 水稻恶苗病及其防治策略之洞察

Chinnannan KARTHIK^1,2，舒庆尧^1,3
¹浙江大学海南研究院，崖州湾科技城，中国三亚市， 572025
²西弗吉尼亚州立大学格斯·道格拉斯研究所与生物学系，美国因斯提图特市， WV 25112
³浙江大学现代种业研究所/水稻生物育种全国重点实验室，中国杭州市， 310058
摘要：恶苗病是由种传或土传藤仓镰孢菌（Fusarium fujikuroi）引起的一种水稻的新兴病害，正日益威胁着世界不同产区水稻的可持续生产。恶苗病发病率因地区和品种而异，造成的产量损失可达3%~95%。认识恶苗病病原菌的特性、致病性、病害流行学、病害症状、寄主-病原菌互作以及病害发生周期中次生代谢物的作用，将有助于制定高效、可持续的病害防治策略，但迄今仍缺乏对水稻恶苗病全面和详细的描述。为此，本篇综述对1898至2023年间恶苗病各关键领域的研究进行总结和深入探讨，并对今后研究提出展望。

关键词组：水稻；恶苗病；藤仓镰孢菌；寄主-病原菌互作；致病性；赤霉素信号传导；病害治理

Review: Detection and quantitative analysis of tumor-associated tertiary lymphoid structures

Man YANG, Yurou CHE, Kezhen LI, Zengyi FANG, Simin LI, Mei WANG, Yiyao ZHANG, Zhu XU, Liping LUO, Chuan WU, Xin LAI, Weidong WANG

DOI: 10.1631/jzus.B2200605 Downloaded: 426 Clicked: 559 Cited: 0 Commented: 0(p.779-795) <Full Text> <PPT> 101

Chinese summary <7> 肿瘤相关的三级淋巴结构的检测和量化分析

杨曼^1,2，车雨柔^1,2，李柯臻^1,3，方曾怡^1,2，李思敏^1,3，王梅^1,2，张艺耀^1,2，徐祝^1,3，罗丽萍^1,2，吴川^1,2，赖昕^1,2，王卫东^1,2,3
¹电子科技大学附属肿瘤医院，放射肿瘤学四川省重点实验室，四川省肿瘤临床医学研究中心，四川省肿瘤医院放疗科，中国成都市，610000
²电子科技大学医学院，中国成都市，610000
³西南医科大学临床医学院肿瘤科，中国泸州市，646000
摘要：肿瘤相关的三级淋巴结构（TLS），主要由B细胞和T细胞群体有机聚集形成于肿瘤组织范围内的异位淋巴组织。在肿瘤中，TLS的存在与免疫治疗的反应性和肿瘤预后密切相关。因其具有广阔的临床应用前景，研究者一直在积极探索。许多研究都试图破译TLS的形成机制、结构组成、诱导生成、预测标记物和临床利用。与此同时，用科学的方法定性和定量描述TLS，对其研究至关重要。在检测方面，苏木精-伊红染色法（H&E）染色、多重免疫组化、多重免疫荧光和12趋化因子基因特征是被认可的方法。然而在TLS的定量分析方面，例如TLS的绝对计数、组成TLS的细胞分析、TLS的结构特征、空间位置、密度、成熟度等，目前尚无标准方法。本研究回顾了TLS检测和定量分析的最新研究进展，提出了TLS评估的新方向，并解决了TLS在临床上的定量应用问题。

关键词组：三级淋巴结构（TLS）；肿瘤微环境；趋化因子特征；空间转录组学；人工智能；影像组学

Review: OCT4’s role and mechanism underlying oral squamous cell carcinoma

Yuwei DAI, Ziqiong WU, Yitong CHEN, Xinjian YE, Chaowei WANG, Huiyong ZHU

DOI: 10.1631/jzus.B2200602 Downloaded: 450 Clicked: 587 Cited: 0 Commented: 0(p.796-806) <Full Text> <PPT> 112

Chinese summary <7> OCT4在口腔鳞状细胞癌发病机制中的作用

戴雨薇^1,2，吴紫琼³，陈怡彤³，叶鑫健⁴，王超炜¹，朱慧勇¹
¹浙江大学医学院第一附属医院口腔颌面外科，中国杭州市，310003
²浙江大学医学院，中国杭州市，310058
³浙江中医药大学口腔医学院，中国杭州市，310053
⁴浙江大学医学院附属口腔医院，浙江大学口腔医学院，浙江省口腔疾病临床医学研究中心，浙江省口腔生物医学研究重点实验室，浙江大学癌症研究院，中国杭州市，310006
摘要：口腔鳞状细胞癌（OSCC）是一种常见的头颈部恶性肿瘤。由于肿瘤复发率高、颈部淋巴结转移和缺乏有效的全身治疗手段，OSCC在全球最具负面影响的癌症中排名第六。其预后差，死亡率高。八聚体结合转录因子4（OCT4）是Pit-Oct-Unc（POU）家族的成员，是一种关键的重编程因子，在保持胚胎干细胞（ESCs）的多能性和自我更新状态方面具有显著作用。最近的研究表明，OCT4参与维持OSCC癌症干细胞（CSC）的存活，对口腔癌的发生、复发、转移和预后具有深远的影响。因此，我们总结了OCT4的结构、亚型、功能及其在OSCC的发生、发展和预后中的作用。

关键词组：癌症干细胞（CSC）；八聚体结合转录因子4（OCT4）；口腔鳞状细胞癌（OSCC）；预后；信号通路

Research Articles

Genetic and histological relationship between pheromone-secreting tissues of the musk gland and skin of juvenile Chinese forest musk deer (Moschus berezovskii Flerov, 1929)

Long LI, Heran CAO, Jinmeng YANG, Tianqi JIN, Yuxuan MA, Yang WANG, Zhenpeng LI, Yining CHEN, Huihui GAO, Chao ZHU, Tianhao YANG, Yalong DENG, Fangxia YANG, Wuzi DONG

DOI: 10.1631/jzus.B2200692 Downloaded: 517 Clicked: 634 Cited: 0 Commented: 0(p.807-822) <Full Text> <PPT> 110

Chinese summary <7> 中国幼年林麝（Moschus berezovskii Flerov, 1929）香腺和皮肤分泌信息素的遗传和组织学关系

李龙¹，曹贺然^1,3，杨瑾萌¹，靳添淇¹，马宇轩¹，汪洋¹，李振鹏¹，陈怡宁¹，高慧慧¹，朱超¹，扬天豪¹，邓亚龙¹，杨芳霞^2,3，董武子^1,3
¹西北农林科技大学动物科技学院，中国陕西省杨凌区，712100
²西北农林科技大学林学院，中国陕西省杨凌区，712100
³西北农林科技大学秦岭野生动物生物学研究中心，中国陕西省杨凌区，712100
摘要：中国林麝成年雄性的香腺，被认为是一种特殊的皮肤腺体，能够分泌皮脂、脂质和蛋白质等物质进入林麝的香囊。香囊中的物质成熟后称之为麝香，雄性林麝分泌的麝香用来在繁殖季节吸引雌性林麝，且在药用价值和领域标记方面起着重要作用。由于林麝作为国家一级保护动物，组织样品非常珍贵且难以获得，因此中国林麝的麝香腺与皮肤之间的关系仍未被发现。本研究利用组织形态学、RNA测序（RNA-seq）和免疫组化等方法对中国林麝的麝香腺和皮肤进行了检测，并评估了关键调控基因的表达，同时分析皮肤（背部皮肤和腹部皮肤）和香腺的组织结构以确定麝香腺是否来源于皮肤。本研究主要得到如下结果：（1）林麝皮肤和香腺组织共同表达的基因高达88.24%，且Metascap预测分析工具证明麝香腺体中表达的基因具有皮肤组织特异性；（2）免疫化学和分子生物实验证实关键调控基因在皮肤和香腺中均有表达；（3）组织形态学分析结果证实在组织空间结构上香腺和皮肤组织中均含有皮脂腺，推测其原因是麝香中主要成分是脂肪酸（71.55%），且皮脂腺和毛囊作为一个结构单元参与林麝信息素的分泌。

关键词组：林麝；信息素；麝香腺；皮肤组织；转录组；皮脂腺

Exploring the links between gut microbiome changes and irritable bowel syndrome in Han populations in the Tibetan Plateau

Xingguang ZHANG, Wei XU, Weilong ZHONG, Wencheng ZHANG, Cheng YANG, Lisa DUAN, Haiyan NIU, Yanmei DONG, Taotao LIU, Shihai XIA, Bangmao WANG

DOI: 10.1631/jzus.B2200509 Downloaded: 541 Clicked: 1042 Cited: 0 Commented: 0(p.823-838) <Full Text> <PPT> 127

Chinese summary <7> 西藏高原汉族人群的肠道微生物变化与肠易激综合征之间的关系研究

张兴光^1,2，许威²，仲威龙¹，张文成²，杨程²，段力萨²，牛海艳²，董艳美²，刘涛涛²，夏时海²，王邦茂¹
¹天津医科大学总医院消化内科，天津市消化疾病研究所，天津市消化疾病重点实验室，中国天津市，300052
²武警特色医学中心消化内科，天津市肝脏胰腺纤维化与分子诊疗重点实验室，中国天津市，300162
摘要：肠道微生态受高原环境的影响，微生态失调在肠易激综合征（IBS）的发病机制中起着重要作用，但高原环境对汉族人群肠道微生物的变化的影响及高原环境对IBS发生的相关性有待进一步地研究。在本项研究中，我们前瞻性地对从平原进入高原环境工作生活的一组健康队列进行了一年的随访，并对其中一些人的粪便样本进行了16S核糖体RNA（16S rRNA）测序分析。根据参与者的临床症状，与IBS问卷相结合，筛选出队列中的IBS患者。结果表明：高原环境可导致肠道微生物多样性和组成的变化，并随着在高原停留时间的延长，肠道微生物表现出适应性的动态变化，恢复到接近进入高原前的水平，IBS的症状也明显缓解。因此，我们推测高原环境可能是诱发IBS的特殊环境。已被证实在IBS的发病机制中发挥重要作用的分类物种g_Alistipes、g_Oscillospira和s_Ruminococcus_torques在高海拔地区IBS队列中也被发现。总之，高原环境导致的肠道微生物失调可能导致了IBS在高原环境中的高发生率，同时心理因素可能也参与了高原环境下IBS的发生，具体的相关机制需要进一步的研究。

关键词组：肠道微生物；高原环境；肠易激综合征

Construction and evaluation of in-house methylation-sensitive SNaPshot system and three classification prediction models for identifying the tissue origin of body fluid

Yating FANG, Man CHEN, Bofeng ZHU

DOI: 10.1631/jzus.B2200555 Downloaded: 476 Clicked: 668 Cited: 0 Commented: 0(p.839-852) <Full Text> <PPT> 114

Chinese summary <7> 鉴定体液来源的甲基化敏感性SNaPshot体系及三种预测模型的构建与评估

方雅婷^1,2，陈曼¹，朱波峰^1,3
¹南方医科大学法医学学院，广州市法医多组学精准鉴定重点实验室，中国广州市，510515
²安徽医科大学基础医学院，中国合肥市，230031
³南方医科大学珠江医院检验医学科微生物组医学中心，中国广州市，510515
摘要：体液组织来源的鉴定可为刑事案件的侦查提供线索和证据。为了建立一种高效的法医学体液鉴定方法，本研究选取了8个新的体液特异性DNA甲基化标志物，并基于这些标志物构建了可用于5种常见体液（静脉血、唾液、经血、阴道液和精液）鉴定的多重单碱基延伸反应（SNaPshot）体系。结果表明，该系统具有良好的物种特异性和灵敏度，可用于混合生物样本的鉴定。同时，本研究利用前期研究数据构建了一个人工体液预测模型和两个分别基于支持向量机和随机森林算法的机器学习预测模型，并利用本研究获得的检测数据（n=95）对这些预测模型进行了测试。基于研究者经验建立的人工预测模型的准确率为95.79%，支持向量机预测模型对除唾液（96.84%）外的所有体液的预测准确率均为100.00%，随机森林预测模型对5种体液的预测准确率均为100.00%。综上所述，我们所构建的SNaPshot系统和随机森林预测模型能够实现体液组织来源的准确鉴定。

关键词组：DNA甲基化；体液；法医鉴定；单碱基延伸反应（SNaPshot）；机器学习